Noch im Oktober 1989 wurde ein Student verhaftet, doch der durch die Montagsdemonstrationen ausgelöste Reformprozess erreichte auch die Universitäten. In wenigen Monaten wurde die staatliche Bevormundung beseitigt und die Freiheit in Lehre und Forschung umgesetzt.
Nur eine geringe Zahl der rund 9.000 Studenten der halleschen Universität wandte sich gegen das System. Seit 1987 setzten sich
Studenten der Theologie für eine unabhängige Interessenvertretung der Studenten ein. Revolutionär war die Forderung nach Gründung eines unabhängigen Studentenbundes des im September 1989 gebildeten »Kreises kritischer Studenten«. Der Mitgründer, ein Theologie-Student, wurde noch am 11. Oktober 1989 verhaftet.
Die Forderungen der Opposition nach Dialog und Reformen wurden auch in der Universität aufgegriffen und basisdemokratisch umgesetzt. Durch Gründung einer freien Studentenvertretung wurde der Einfluss der staatlichen Jugendorganisation FDJ zurückgedrängt.
Für den Aufbau einer akademischen Selbstverwaltung mit Freiheit in Forschung und Lehre setzen sich Universitätsangehörige in der
»Initiativgruppe zur Erneuerung der Universität« und dem »Runden Tisch der Medizin« ein.
Die im Januar 1990 gegründete »Initiativgruppe zur demokratischen Erneuerung der Universität« begleitete den Reformprozess der Universität zu den ersten freien und geheimen Hochschulwahlen am 11. April 1990.
Die eigentliche Hochschulerneuerung begann erst jetzt. Der gesellschaftliche Umbruch schuf jedoch Unsicherheiten an den Universitäten. Die Anerkennung von Studienabschlüssen im
wiedervereinigten Deutschland, das berufliche
Weiterkommen, die eigene Existenz in Lehre und Forschung und nicht zuletzt die Finanzierung der Hochschulen waren Fragen, die
bis heute bewegen.